[truvo]

Если это файлы Windows - то, конечно, в дистрибутиве, но искать, в том числе, поиском внутри архивов, если в явном виде, незапакованном, эти файлы не обнаружатся.

Если у вас на экране написано, что они повреждены, может, выручит sfc /scannnow - программа защиты системных файлов или chkdsk c: /R (в консоли восстановления системы).

И потом, я не спец особо, но мне кажется, что бывают случаи, когда после простого копирования в систему одних поврежденных файлов появляется новое сообщение - уже о других и так может продолжаться долго при больших масштабах разрушений...

Только вам, очевидно, с этим вопросом нужно было в раздел WindowsXP (или не XP - вы не написали, какой).

А почему "чистые файлы", а не просто "файлы"?