WoW64 (на
MSDN).
Если ОС 64-bit, то данные для 64-bit софта заносятся/хранятся в
HKLM\SOFTWARE, для 32-bit софта -
HKLM\SOFTWARE\WOW3264node. Аналогично и с
HKCU.
Вы устанавливаете MSO 2003 x86 (32-bit) на ОС 64-bit, REG файл импортируете из-под 32-bit оболочки/приложения? Если да, то все правильно делается, если нет, тогда давайте разбираться, чем вы запускаете импорт REG файла.