[Admiral]

Не компрессированную AVI - RAR их классно сжимает, так что с хранением такого файла проблем не возникнет. Из бесплатных редакторов VirtualDub с коллекцией плагинов.
Из условно бесплатных (входящий в Виндовс, а значит если его нет то надо будет заплатить) Windows Movie Maker (формат при этом будет WMV) вполне справляется с наложением титров комментариев, визуальных эффектов и объектов.
Вот ещё на досуге посмотреть и проверить
Free video editing software list for all platforms

[Coutty]

Мне же кажется, что swf как раз удобнее avi для создания пометок на видеофайле.
Нужно просто импортировать его в новый флэш-документ, а на втором слое в нужных кадрах создать пометки (это я про Macromedia Flash... т.е. который уже Adobe Flash).
Для озвучки я бы сделал так: в файле с видео создаётся меню с выбором языка, в зависимости от выбора пользователя подгружается swf-док со звуком. Скриптописания получится совсем чуть-чуть.

Недостатки такого подхода - большие файлы и, соответственно, высокие требования к оперативной памяти. У меня была одна презентация на флэше с использованием 6 видеороликов общей продолжительностью около 5 минут, так она занимала 200 МБ памяти (и 1,5 ГБ при создании флэшки). Ну это с высоким качеством