[elChoopacabra]

Пункт 12 описания: Расположенные рядом с инсталлятором preferences.xml (пользовательские настройки), replace.dat (список автозамены), user.dic (правила исключений), diary.dat (дневник), будут автоматически скопированы в папку настроек
Т.е., раз уж вы используете данный аддон как repack, помещайте Ваши предпочтения рядом с ним и тогда, они будут сохранены.

Кроме того, из вышеперечисленного списка пользовательских файлов, в перепаковке присутствует только один из них - preferences.xml , в котором нет ни списка исключений, ни списка автозамены.

Наиболее простой вариант куда "делись" Ваши исключения и прочее - а никуда, они по-прежнему либо в папке профиля (пункт 5 описания), а Вы возможно выбрали при установке хранение их в папке с программой (по-умолчанию), либо и того хуже - они в папке с программой, но в папке, в которую её ставит официальный установщик %ProgramFiles%\Yandex\Punto Switcher, в то время как repack устанавливается в %ProgramFiles%\Punto Switcher (пункт 3 описания).